Tháng 12/1777, Maximilian Joseph đi trên một xe ngựa qua München; trên chuyến đi, khi xe của ông qua tháp đồng hồ, vì cơ chế hoạt động của đồng hồ bị lỗi nên đổ chuông đến 77 lần liên tục. Maximilian cho rằng đây là điểm báo cho sự chấm hết của triều đại mình. Sau đó vài ngày, Maximilian lâm bệnh, đội bác sĩ hoàng gia gồm 15 người không thể nào chẩn đoán ra bệnh. Giáng sinh năm đó, các bác sĩ dựa vào các triệu chứng đã phát hiện ra Maximilian đang mắc phải bệnh Đậu mùa và đây là chủng "purple small pox" rất nguy hiểm ở thời điểm đó.[2]

Vào ngày cuối cùng của tháng 12, ông đã qua đời mà không để lại một người thừa kế nào. Maximilian III Joseph được chôn cất trong hầm mộ của Nhà thờ dòng Theatine ở München.